Пищеварительный аппарат у иксоидных клещей представлен предротовой полостью, парой слюнных желез, глоткой, пищеводом, средней и задней кишками Средняя кишка включает небольшой желудок и обширные боковые выросты, задняя кишка — короткую тонкую кишку, ректальный пузырь и прямую кишку, открывающуюся наружу анальным отверстием.

В ректальный пузырь попадает пара мальпигиевых сосудов. Пищеварение у клещей в основном внутриклеточное, происходит главным образом в средней кишке. У иксо- довых клещей клетки этой кишки захватывают всю поглощенную пищу, у аргасовых — лишь большую ее часть, а остальная остается в просвете кишечника и постепенно переваривается секретом, поступающим из разрушающихся секреторных клеток.

Питание начинается с внедрения хоботка в кожные покровы хозяина. Процесс этот протекает сравнительно медленно, путем последовательного прорезания покровов хелицерами и введения в ранку гипостома. Пальпы остаются на поверхности покровов и в акте сосания прямого участия не принимают. Насасывание крови и лимфы чередуется с введением в ранку слюны. Слюна обладает свойствами обезболивать укус, увеличивать проницаемость стенок кровеносных сосудов, предотвращать свертывание крови, может обеспечивать растворение тканей, участвовать в образовании цементного футляра вокруг хоботка. Органами выделения у клещей, как и у насекомых, служат мальпигиевы сосуды, через которые удаляются продукты азотистого обмена и осуществляется осморегулягорная функция.

Выделение избытка воды у иксодовых и аргасовых клещей происходит за счет «откачивания» его со слюной в ранку, благодаря чему кровь в кишечнике концентрируется. Однако необходимо иметь в виду, что процесс этот многократно повторяется: выделение слюны, ее обратное всасывание вместе с кровью и т.д. Аргазиды, кроме того, избыток воды при кровососании выделяют через коксальные железы.

Кровеносная система у иксодоидных клещей представлена сердцем в виде небольшого треугольного мешка с 1—2 парами отверстий, снабженных клапанами, короткой аортой, открывающейся в кровеносный синус у мозга, окологлоточным синусом и несколькими парами кровеносных сосудов, идущих от синусов к конечностям и гнатосоме.

Гемолимфа бесцветна, содержит амебовидные гемоциты. У нимф и имаго иксодоидных клещей хорошо развита трахейная система, охватывающаяся парными стигмами на перитремах. Стигмы снабжены замыкательным аппаратом. У личинок большинства видов трахейной системы нет. Половой аппарат у самок клещей состоит из непарного яичника, парных яйцеводов, сливающихся в непарную матку, и влагалища. Во влагалище открываются семяприемник и пара придаточных половых желез.

Иногда семяприемник отсутствует и его функции выполняют матка или влагалище. Половой аппарат самцов включает пару семенников и семяпроводов, семяизвергательный канал и комплекс придаточных желез. Копулятивные органы отсутствуют. Оплодотворение происходит при помощи сперматофора. Самцы вводят шейку сперматофора в половые пути самок с помощью хелицер.

Развитие яйцеклеток стимулируется приемом крови. Созревают они в разных участках яичника не одновременно, поэтому яйцекладка у клещей растянута. В процессе яйцекладки важную роль играет орган Жене, расположенный в передней части тела. Он представляет собой 2- или 4-лопастный гиподермальный мешок с железистой тканью.

В момент яйцекладки он выворачивается наружу через щелевидное отверстие у заднего края основания хоботка, захватывает и переносит яйца от полового отверстия к передней части тела клеща и на субстрат. Яйца откладываются в общую кучку впереди самки.